近年來，隨著反腐敗斗爭的不斷深入，各地紀檢監察機關使用“兩規”“兩指”措施的案件數量不斷增加，實踐證明，“兩規”“兩指”措施是突破大案要案的重要手段，對于反腐敗斗爭順利開展具有重要的意義。同時也應看到，各地紀檢監察機關在使用這一措施的過程中，也存在著一些問題需要引起高度注意和亟需予以解決。
一是有些地方紀檢監察機關把采取“兩規”“兩指”作為紀律審查的“首選項”和“必須選”，存在辦案手段比較單一，對采取“兩規”“兩指”措施有些“任性”。在思想上和方式上過分依賴，一旦遇到案件不易推進就想到使用“兩規”“兩指”措施，把它當作“萬能鑰匙”，導致時機尚未成熟就使用這一措施，同時也存在抱著調查對象發展到違法程度才使用“兩規”“兩指”措施的現象。
二是在“兩規”“兩指”措施使用條件上，由于紀檢機關案件工作條例和行政監察法有關“兩規”“兩指”只有原則性規定，沒有實施細則，有些地方存在濫用“兩規”“兩指”措施的現象，從各地對外通報接受組織調查的人員情況看，各地對大案要案的標準、使用對象、使用條件、使用時機理解不一，上到省部級領導干部，下到鄉村教師、鄉鎮辦事員、農村普通黨員都有被采取“兩規”“兩指”的現象。
三是個別地方檢察機關掌握了一些黨員干部違法犯罪的重要線索，但是由于檢察機關辦案人員在規定時間內難以突破案件，就把調查對象直接移送給紀檢監察機關查辦，借紀檢監察機關“兩規”“兩指”措施來突破案件，或者采取檢察機關與紀檢監察機關“聯合”辦案的方法來推進案件,反映了現階段反腐敗制度的缺陷以及我國檢察機關法律制度的不健全，也違背了紀檢機關不是黨內“公檢法”的精神。
四是有些地方紀檢監察機關在采用“兩規”“兩指”措施過程中，有存在著以辦理大案要案論英雄的現象，在組織紀律審查時候對涉嫌違紀違法黨員干部違反政治紀律、組織紀律、財經紀律、生活作風等問題不感興趣、不夠重視，抱著抓大放小的思想，總是熱衷于審查那些數額大的違法犯罪問題，從思想根源上存在通過紀律審查把調查對象送上法庭為目標的現象。
五是從各地對外通報的情況看，紀檢監察系統內目標考核方面，存在“審查對象職務高、收繳違紀款數額多、辦理“兩規”“兩指”案件數量多并移交司法機關人數多”等考核指標所占分值權重大的現象。導致有些地方熱衷查辦本地區有影響力的案件，堅持以違法作為切入口進行紀律審查，紀律和法律不分，抱著把案件所有違紀違法事實都查清楚再處理、再移送的做法，這些問題偏離了黨章賦予紀委的職責。
六是有些地方紀檢監察機關在實施“兩規”“兩指”措施過程中，運用“人海戰”、“時間戰”、“久拖戰”等紀律審查方式，存在著審查節奏慢、辦案周期長等現象，在審查時間上少則一兩月，多則半年，不計代價，一味地求全、求多、求細，追求完美主義，牽涉了大量的人力和精力，同時導致審查對象思想波動不斷加大，增加了風險隱患，甚至發生安全事故，加大了管理成本，影響了工作效率。(于 杰)