從1957年“反右”運動到十年“文革”，全國監(jiān)察制度和工作發(fā)生了一系列前所 未有的變化。包括云南在內(nèi)的紀(jì)檢監(jiān)察工作，也在挫折、調(diào)整、摧殘、復(fù)蘇的曲折歷史中，艱難地徘徊前行。
1959年4月，國務(wù)院提請全國人大撤銷監(jiān)察部。同年7月，云南省人民委員會監(jiān) 察廳也被撤銷，監(jiān)察機(jī)關(guān)工作人員由各級組織部門重新安排。國家行政監(jiān)察部門被撤銷，使行政監(jiān)察工作受到嚴(yán)重削弱，本來已趨健全的國家行政監(jiān)察體制也因此殘缺不全。這給后來全國以及云南的法制、紀(jì)檢和廉政建設(shè)帶來了諸多不利的影響。
1960年，為了糾正“左”傾錯誤，調(diào)整國民經(jīng)濟(jì)，黨中央發(fā)出《關(guān)于農(nóng)村人民公社當(dāng)前政策問題的緊急指示信》《關(guān)于徹底糾正“五風(fēng)”問 題對省市自治區(qū)黨委的指示》等文件。要求堅決要求堅決糾正共產(chǎn)風(fēng)、浮夸風(fēng)、命令風(fēng)、干部特殊風(fēng)、生產(chǎn)瞎指揮風(fēng)以及公社化以來的錯誤。1961年，黨中央在八屆九中全會上通過了“調(diào)整、鞏固、充實、提高”的經(jīng)濟(jì)發(fā)展方針。同時，為甄別平反“反右”以來各類運動中受到錯誤處分的黨員干部，1962年又發(fā)出了《關(guān)于加速進(jìn)行黨員、干部甄別工作的通知》。
1962年1~4月，云南省紀(jì)委遵照中央精神，對1957~1961年的錯案、被錯誤處分的干部或黨員進(jìn)行甄別糾正。定期發(fā)布《甄別工作匯報材料》和《監(jiān)察工作簡報》等。應(yīng)當(dāng)說，紀(jì)檢監(jiān)察工作又稍稍回到了正確的軌道上。至1963年3月，云南省的甄別工作基本結(jié)束，甄別結(jié)果為：原處分、批判正確和基本正確的38351人，占12.75%；原處分、批判錯誤和基本錯誤的102129人，占63.4%。此次甄別活動基本扭轉(zhuǎn)亂批、亂斗、亂撤職現(xiàn)象，調(diào)動了黨員、干部的積極性，增強(qiáng)了團(tuán)結(jié)，加強(qiáng)了黨的領(lǐng)導(dǎo)。
1963年至1965年，云南省紀(jì)委根據(jù)中央指示和部署，先后開展了“五反”和“四清”運動，揭露出貪污盜竊、投機(jī)倒把者17400多人，其他嚴(yán)重錯誤者22672人，混入干部隊伍中的“地富反壞”分子和不可救藥的變質(zhì)分子46人。當(dāng)然，由于始終強(qiáng)調(diào)“以階級斗爭為綱”，運動中也同時出現(xiàn)了不少傷害無辜干部和群眾的情況。而“四清”運動尚未結(jié)束，全國又很快陷入了十年“文革”，紀(jì)檢制度和工作遭到了空前的破壞。
云南的十年“文革”，是從1966年5月7日省委成立“文化革命小組”開始。1967年1月，昆明地區(qū)的兩大“造反派”分別奪取了中共云南省委和云南省人民委員會的黨政權(quán)力。是年3月，中央批準(zhǔn)成立省“軍管會”，全面接管中共云南省委和云南省人民委員會的工作。4月21日，中共云南省委常委、副省長、省監(jiān)委原書記劉林元同志被迫害致死。1968年8月，云南省“革命委員會”成立，宣布：原中共云南省委和云南省人民委員會全部撤銷，停止工作，參加“斗、批、改”。
省委監(jiān)察委員會與其他黨政機(jī)關(guān)一樣，被“造反派”奪權(quán)，監(jiān)察干部隊伍遭受摧殘，紀(jì)檢監(jiān)察制度和工作受到嚴(yán)重的破壞，蒙受了巨大的損失。就全省而言，由于失去了正常的紀(jì)檢監(jiān)察，一是制造了大量的冤假錯案，不計其數(shù)的干部、群眾被迫害致死。二是所謂“政治邊防”嚴(yán)重破壞了邊疆穩(wěn)定，造成繼“大躍進(jìn)”后的第二次邊民外逃，在國內(nèi)外造成了很壞的政治影響。三是包括經(jīng)濟(jì)、科技、教育、文化、衛(wèi)生在內(nèi)的整個社會主義建設(shè)事業(yè)遭到全面破壞。直到1976年粉碎“四人幫”，十年“文革”才基本結(jié)束。經(jīng)過十年“文革”，云南積累了許多嚴(yán)重的政治問題和社會問題，在重建和恢復(fù)黨組織、國民經(jīng)濟(jì)建設(shè)、統(tǒng)一戰(zhàn)線、科教文衛(wèi)等方面，百廢待興，有許多迫切的工作要做。但由于當(dāng)時受“兩個凡是”錯誤思想的影響，1977、1978年兩年間，云南與全國其他省區(qū)一樣，各項工作雖然有所進(jìn)展，但是，紀(jì)檢工作總體上也受到嚴(yán)重的阻撓，依然處于徘徊的狀態(tài)中。
1977年8月，黨的第十一次全國代表大會在北京舉行。大會通過《關(guān)于修改黨的章程的報告》，正式提出恢復(fù)黨的紀(jì)律檢查機(jī)關(guān)。經(jīng)過修改的《黨章》規(guī)定：黨的中央委員會，地方縣和縣以上、軍隊團(tuán)和團(tuán)級以上各級黨的委員會，都設(shè)立“紀(jì)律檢查委員會”。各級紀(jì)律檢查委員會由同級黨的委員會產(chǎn)生，并在同級黨委的領(lǐng)導(dǎo)下，加強(qiáng)對黨員的紀(jì)律教育，負(fù)責(zé)檢查黨員和黨員干部執(zhí)行紀(jì)律的情況，同各種違反黨的紀(jì)律的行為做斗爭。
1978年8月，中共云南省委批準(zhǔn)成立黨的各級紀(jì)律檢查委員會；省委組織部下發(fā)《關(guān)于建立各級黨的紀(jì)律檢查委員會的報告》。《報告》指出：為適應(yīng)新時期總?cè)蝿?wù)的要求，縣以上各級黨委和相當(dāng)于縣以上的企事業(yè)單位黨委，都要按照新《黨章》的規(guī)定，抓緊把黨的“紀(jì)律檢查委員會”或黨的“紀(jì)律檢查組”建立起來。《報告》還對黨的紀(jì)律檢查委員會或黨的紀(jì)律檢查組的任務(wù)、選拔干部的條件、機(jī)構(gòu)設(shè)置和人員配備等提出了具體意見。
中共云南省委于1978年9月正式批準(zhǔn)成立“云南省委紀(jì)律檢查委員會”。在省委的批復(fù)中，同意省委組織部的《請示報告》；同意省委紀(jì)律檢查委員會在召開省的黨代會時正式選舉產(chǎn)生；同意省委紀(jì)委設(shè)一室三處、暫定編制45人。1978年11月，省委批準(zhǔn)了省委紀(jì)律檢查委員會組成人員名單。省委紀(jì)律檢查委員會由代理副書記王文玉、劉鑫、賈敦芳三位同志為委員，周力、張文軒、毛崇橫、曹理周、賀長文五位同志任兼職委員。
省紀(jì)委成立后，迅速開始投入工作。1978年11月在昆明召開工作座談會。會議認(rèn)真學(xué)習(xí)了新《黨章》和中央、省委有關(guān)紀(jì)檢監(jiān)察的文件精神，著重討論了紀(jì)律檢查委員會的任務(wù)和當(dāng)前的工作。會議認(rèn)為各級紀(jì)律檢查委員會當(dāng)前要做好的五項工作是：
一、以揭批查“四人幫”為綱，加強(qiáng)黨的紀(jì)律教育。
二、檢查黨員和干部執(zhí)行紀(jì)律的情況，同各種違反黨的紀(jì)律的行為做斗爭。
三、處理好第十一次路線斗爭中的案件。
四、做好“文革”中受害黨員的平反和落實政策工作。
五、做好“文革”之前舊案的申訴處理工作。
會議強(qiáng)調(diào)，黨的紀(jì)律檢查部門當(dāng)前的首要任務(wù)，就是針對十年“文革”給云南帶來的種種倒行逆施，從紀(jì)檢監(jiān)察的角度，撥亂反正。要落實中央“思想再解放一點，膽子再大一點，辦法再多一點，步子再快一點”的指示，迅速把黨的紀(jì)律檢查工作抓上去。
云南和全國一樣，“文革”前，黨的紀(jì)檢工作有效地純潔了黨的隊伍和組織，保證了黨組織的凝聚力和戰(zhàn)斗力，促進(jìn)了黨的各項事業(yè)順利發(fā)展，鞏固了黨的執(zhí)政地位。但由于沒有把制度建設(shè)作為根本性、全局性的問題來對待，尤其是1959年行政監(jiān)察機(jī)關(guān)被撤銷。在“文革”期間，紀(jì)檢、監(jiān)察工作被一系列“運動”所代替，紀(jì)檢制度被踐踏，乃至被廢除，給黨和國家的建設(shè)帶來巨大的負(fù)面影響。直到1978年9月，新的“云南省紀(jì)委”成立后，全省紀(jì)檢制度建設(shè) 和工作才開始快步走出了徘徊不前的局面。