黨的十四大后，在建立社會(huì)主義市場經(jīng)濟(jì)體制的新的實(shí)踐中，我國反腐敗機(jī)構(gòu)得到進(jìn)一步強(qiáng)化，黨風(fēng)廉政建設(shè)和反腐敗的戰(zhàn)略地位、工作格局進(jìn)一步明確，法制化、制度化的程度進(jìn)一步提高，初步建立起與社會(huì)主義市場經(jīng)濟(jì)規(guī)則相適應(yīng)的領(lǐng)導(dǎo)干部廉潔從政行為規(guī)范。1993年，中央紀(jì)委、監(jiān)察部合署辦公，實(shí)行一套工作機(jī)構(gòu)，履行黨的紀(jì)律檢查和行政監(jiān)察兩項(xiàng)職能。這是黨中央為反對腐敗，加強(qiáng)黨風(fēng)廉政建設(shè)形成合力而采取的重大措施；在新中國反腐倡廉史上具有里程碑意義。
黨的十六大以來，黨內(nèi)外反腐制度日漸完善，初步建設(shè)起一個(gè)從源頭防腐到查辦重大案件的宏大反腐格局。2003年，《中國共產(chǎn)黨黨內(nèi)監(jiān)督條例（試行）》制定出臺(tái)。該《條例》是中國共產(chǎn)黨建黨82周年、執(zhí)政54年來制定的第一部黨內(nèi)監(jiān)督條例。同時(shí)出臺(tái)的《中國共產(chǎn)黨紀(jì)律處分條例》則對黨員的知情權(quán)、參與權(quán)、選擇權(quán)、監(jiān)督權(quán)和對黨員權(quán)利的保障措施等各項(xiàng)權(quán)利做了更加規(guī)范、完善的規(guī)定。
2004年4月，中共中央正式?jīng)Q定：中央紀(jì)委、監(jiān)察部將全面實(shí)行對派駐機(jī)構(gòu)的統(tǒng)一管理，將派駐機(jī)構(gòu)由中央紀(jì)委、監(jiān)察部和駐在部門雙重領(lǐng)導(dǎo)改為由中央紀(jì)委、監(jiān)察部直接領(lǐng)導(dǎo)。2007年9月，中國國家級預(yù)防腐敗的專門機(jī)構(gòu)——國家預(yù)防腐敗局正式成立。2007年，黨的十七大正式把巡視制度載入黨章。
根據(jù)黨中央精神，1993年上半年，云南省各級行政監(jiān)察機(jī)關(guān)與黨的各級紀(jì)檢機(jī)關(guān)開始合署辦公。合署后的機(jī)構(gòu)設(shè)置為：辦公廳、干部室、宣傳教育室、監(jiān)察綜合室、政策法規(guī)研究室、信訪室、執(zhí)法監(jiān)察室、案件審理室、紀(jì)檢監(jiān)察一室、紀(jì)檢監(jiān)察二室、紀(jì)檢監(jiān)察三室、紀(jì)檢監(jiān)察四室、黨風(fēng)廉政建設(shè)室（省政府糾風(fēng)辦）。
合署辦公后實(shí)行同一個(gè)機(jī)構(gòu)履行黨的紀(jì)檢和行政監(jiān)察兩種職能，在省紀(jì)委、監(jiān)察廳內(nèi)增設(shè)“綜合監(jiān)察室”，以便向省政府報(bào)告和反映監(jiān)察工作狀況，但繼續(xù)實(shí)行由所在地政府和上級監(jiān)察機(jī)關(guān)領(lǐng)導(dǎo)的雙重領(lǐng)導(dǎo)體制。合署辦公加強(qiáng)了黨的紀(jì)檢工作，強(qiáng)化了行政監(jiān)察職能，這在一定程度上有利于整合有限資源、形成監(jiān)察合力，增加監(jiān)督力度、提高工作效率；有利于強(qiáng)化黨的紀(jì)檢和政府行政監(jiān)察職能；也有利于國務(wù)院和各級政府繼續(xù)加強(qiáng)對行政監(jiān)察工作的指導(dǎo)，反腐倡廉走進(jìn)了全新的時(shí)代。從1993年至2011年，云南各級紀(jì)檢、監(jiān)察部門，先后制定并實(shí)施了以下制度：
一、“法治政府”四項(xiàng)制度：《云南省省屬企業(yè)國有資產(chǎn)處置審批制度》《云南省重大資源開發(fā)利用項(xiàng)目審批制度》《云南省重大投資項(xiàng)目審批和核準(zhǔn)制度》《云南省省級財(cái)政追加預(yù)算支出審批制度》；
二、“責(zé)任政府”四項(xiàng)制度：《行政問責(zé)制》《首問責(zé)任制》《服務(wù)承諾制》《限時(shí)辦結(jié)制》；
三、“陽光政府”四項(xiàng)制度：《重大決策聽證制度》《重要事項(xiàng)公示制度》《重點(diǎn)工作通報(bào)制度》《政務(wù)信息查詢制度》；
四、“效能政府”四項(xiàng)制度：《行政績效管理制度》《行政成本控制制度》《行政行為監(jiān)督制度》《行政能力提升制度》。
云南省第九次黨代會(huì)以來，省紀(jì)委、監(jiān)察廳整合監(jiān)察、審計(jì)、稽查、督查等力量，對全省加快水利改革發(fā)展、保障性住房建設(shè)、耕地保護(hù)、規(guī)范節(jié)約用地、環(huán)境保護(hù)和污染減排等政策落實(shí)情況開展專項(xiàng)檢查；加強(qiáng)對中央和云南省關(guān)于加強(qiáng)和改善宏
觀調(diào)控、做好“三農(nóng)”工作、經(jīng)濟(jì)結(jié)構(gòu)調(diào)整、應(yīng)對金融危機(jī)、市場價(jià)格調(diào)控、房地產(chǎn)調(diào)控、保障和改善民生、安全生產(chǎn)、優(yōu)化產(chǎn)業(yè)發(fā)展等重大決策部署政策執(zhí)行情況的監(jiān)督檢查，及時(shí)糾正和查處了一批違規(guī)違紀(jì)問題。
——緊緊圍繞擴(kuò)大內(nèi)需促進(jìn)經(jīng)濟(jì)增長政策措施的落實(shí)，及時(shí)提出“抓機(jī)遇、化危機(jī)，抓支出、促增收，抓投資、促消費(fèi)，抓監(jiān)督、促落實(shí)”的工作要求，配合中央檢查組完成了5輪檢查，抽查項(xiàng)目4773個(gè)，整改問題997個(gè)。嚴(yán)肅查處少數(shù)單位擠占挪用
項(xiàng)目資金等行為，確保了中央“三個(gè)百分之百”要求的落實(shí)。
——加強(qiáng)對抗災(zāi)救災(zāi)、救災(zāi)資金物資管理使用和災(zāi)后恢復(fù)重建的監(jiān)督檢查，查處和糾正違規(guī)違紀(jì)問題62起，涉及資金231.92萬元。組織協(xié)調(diào)有關(guān)地方和部門抓好楚雄州姚安縣“7·09”地震恢復(fù)重建統(tǒng)建房質(zhì)量問題整改工作，維護(hù)和保障了災(zāi)區(qū)群眾
利益。
——強(qiáng)化對昆明新機(jī)場等重點(diǎn)工程建設(shè)的監(jiān)督檢查，促進(jìn)了政府重大投資項(xiàng)目廉潔、高效實(shí)施。加強(qiáng)對中央第五次西藏工作座談會(huì)精神、維護(hù)民族團(tuán)結(jié)和社會(huì)穩(wěn)定決策部署貫徹落實(shí)情況的監(jiān)督檢查，嚴(yán)格執(zhí)行黨的政治紀(jì)律和民族宗教政策，維護(hù)了全
省民族團(tuán)結(jié)、宗教和睦、邊疆安寧、社會(huì)穩(wěn)定的良好局面。
云南省加快轉(zhuǎn)變經(jīng)濟(jì)發(fā)展方式監(jiān)督檢查工作進(jìn)展順利。圍繞政策落實(shí)、資金管理和項(xiàng)目實(shí)施三個(gè)關(guān)鍵環(huán)節(jié)，突出“十二五”規(guī)劃實(shí)施、管理通脹預(yù)期、加快水利改革發(fā)展、保障性安居工程建設(shè)、產(chǎn)業(yè)振興和科技計(jì)劃項(xiàng)目實(shí)施、節(jié)能減排和環(huán)境保護(hù)、耕地保護(hù)和節(jié)約用地七個(gè)方面的重點(diǎn)，共開展監(jiān)督檢查5000余次，發(fā)現(xiàn)問題3355個(gè)，糾正問題2556個(gè)，提出監(jiān)察建議和工作建議1568項(xiàng)。
云南加快建設(shè)面向西南開放重要橋頭堡，是黨中央、國務(wù)院審時(shí)度勢做出的重大戰(zhàn)略部署，是云南發(fā)展最大、最好的歷史性機(jī)遇。緊緊抓住機(jī)遇，做足、做好、做實(shí)、做深、做透橋頭堡建設(shè)這篇文章，推動(dòng)全省經(jīng)濟(jì)社會(huì)又好又快發(fā)展，是云南省紀(jì)
檢監(jiān)察機(jī)關(guān)強(qiáng)化大局意識(shí)、圍繞中心服務(wù)大局的具體行動(dòng)。
云南省積極向中央紀(jì)委監(jiān)察部匯報(bào)和爭取支持橋頭堡建設(shè)的意見；圍繞橋頭堡建設(shè)涉及的重點(diǎn)領(lǐng)域、重點(diǎn)部門、重點(diǎn)項(xiàng)目，認(rèn)真研究和落實(shí)監(jiān)督檢查措施，著力預(yù)防和堅(jiān)決懲治頂風(fēng)違紀(jì)行為，督促各地各部門在嚴(yán)格依法依規(guī)辦事的同時(shí)，充分運(yùn)用中央給予的政策支持和環(huán)境條件，用好用足各項(xiàng)政策，提高建設(shè)質(zhì)量和效率，促進(jìn)橋頭堡建設(shè)順利實(shí)施。
2012年，為把橋頭堡建設(shè)重大政策措施落實(shí)情況作為監(jiān)督檢查的首要任務(wù)，由省紀(jì)委、省監(jiān)察廳領(lǐng)導(dǎo)班子成員帶隊(duì)，組成16個(gè)檢查組，分兩個(gè)階段對全省橋頭堡建設(shè)政策措施落實(shí)情況做監(jiān)督檢查。在監(jiān)督檢查過程中，各檢查組認(rèn)真檢查了各地各部門在橋頭堡建設(shè)發(fā)展思路、重大舉措、部署工作、制定規(guī)劃、明確政策導(dǎo)向等方面是否全面貫徹落實(shí)了省第九次黨代會(huì)各項(xiàng)決策部署，重點(diǎn)監(jiān)督檢查重大項(xiàng)目實(shí)施進(jìn)展情況和解決群眾反映強(qiáng)烈問題的情況。檢查組既嚴(yán)格監(jiān)督，務(wù)求實(shí)效，督促各地各部門抓緊重大項(xiàng)目的實(shí)施進(jìn)度，同時(shí)又堅(jiān)持以改革創(chuàng)新的精神開展監(jiān)督檢查工作，進(jìn)一步推動(dòng)反腐倡廉制度和實(shí)踐創(chuàng)新，努力形成崇尚創(chuàng)新精神、支持創(chuàng)新實(shí)踐、獎(jiǎng)勵(lì)創(chuàng)新成果、寬容創(chuàng)新失誤的政策導(dǎo)向。